Το πρώτο πλήρες σύστημα «Πήγασος Ι» παραδόθηκε στην 131 Σμηναρχία Μάχης του Άκτιου Πρέβεζας το 2002, όπου τον Ιανουάριο του 2003 με απόφαση του Ανωτάτου Αεροπορικού Συμβουλίου ιδρύθηκε το Σμήνος Μη Επανδρωμένων Αεροσκαφών (ΣΜΕΑ/Φ).
Τον Αύγουστο του 2005 ολοκληρώθηκε η αναβάθμιση του πρώτου «Πήγασος Ι» σε «Πήγασος ΙΙ» με άριστα αποτελέσματα στις πτητικές δοκιμές πιστοποίησης.
Τον Δεκέμβριο του 2008 το Σμήνος αναβαθμίσθηκε σε Πολεμική Μοίρα Μη Επανδρωμένων Αεροσκαφών (ΜΜΕΑ/Φ), με χαρακτηριστικό κλήσης «Αχέρων», υπαγόμενη διοικητικά στον Διοικητή της 131 ΣΜ.
Από το 2009 βρίσκεται σε εξέλιξη η παραγωγή 12 επιπλέον αεροσκαφών με εμπλοκή του ΓΕΕΘΑ, λόγω της διακλαδικής αξιοποίησης του συστήματος.